间作物能改善生态环境和果园生物群落，增加地面植被覆盖度，降低果园风沙，提高果园空气湿度，降低夏季高温和在早春与晚秋提高气温，提高果园经济效益。
间作物分泌的化学物质对防除果园有害生物有良好的作用，利用植物间这种克生关系，可保证果树与间作物互惠互利。例如，荞麦释放的阿魏酸和咖啡酸等可抑制杂草生长；长柔毛野豇豆对果园杂草的生长也有很好的抑制作用；石蒜鳞茎中的毒性生物碱不仅抑制果园杂草的生长，还能有效预防田鼠、地老虎、蝼蛄等的为害。
有些植物本身会发散出强烈的香辛气味，使得昆虫或线虫不敢靠近，有驱避害虫的效果，比如大蒜、除虫菊、薄荷、雏菊、万寿菊、香草、艾菊等。将这类植物与苹果间作时，可以驱避害虫。例如，红皮洋葱种于苹果树旁，可减轻蚜虫的为害；大蒜、韭菜、洋葱的气味对果树害虫亦有驱避效果。
果粮间作系统内的动物种类数量要比单作麦田有所增多，尤其是蜂类、螳螂、瓢虫增加显著，而害虫如大袋蛾、尺蛾、小麦吸浆虫、黏虫、麦蚜等有所减少。害虫的减少与天敌数量增加有关，由于间作作物的繁茂生长，间作果园杂草的种类和数量均比传统果园明显减少。
