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马尾松播种后的头一年，除了浇浇水之外，基本没有别的管理。播种后第二年春天，需要间苗补苗。因为经过一年的生长，马尾松的小苗有的长得密，有的长得稀，这时，把过密的小苗挖出来，补到缺苗的地方，保证幼苗分布均匀。水肥条件好，土质疏松的地区，可以采用密植的方式，一般株行距在15厘米左右就可以。
水肥条件差，土质较硬的地区，可以采用稀植的方式，株行距可以扩大到30到40厘米。有一些长势过弱的小苗，可以结合间苗直接锄去，一般的原则是去小留大，去弱留强。
1 松土除草
苗圃中的土壤条件好了，杂草也会长得很旺盛，这些杂草与小苗争夺养分，所以，松土除草是必不可少的。每年的春季和夏季是杂草生长最旺盛的时候，一般每15天进行一次松土除草，改善土壤的透气性和透水性，防除杂草危害，保持育苗地干净无杂草。松土除草还可以减少土壤水分蒸发，调节土壤湿度，减少灌溉次数，有利于根系的生长发育。
2 及时浇水
每年的3月到8月份，是马尾松小苗的枝条和针叶生长速度最快的时期，而3到5月份的雨水往往不能满足小苗的生长要求。所以马尾松对浇水的要求，主要集中在3月到6月，如果这个时期总是不下雨，一定要及时灌水，一般每20天灌一次水。
3 合理施肥
为促进苗木迅速生长，提高苗木质量，从播种后第二年开始，每年的6月下旬到7月下旬，每隔半月施一次肥，每次每亩追施硫酸钾复合肥20公斤。8月份以后停止追施硫酸钾复合肥，有条件时适量追施氮磷钾复合肥，以促进苗木梢部充分木质化。
4 病虫害防治
马尾松幼苗时期常见的虫害不多，常见的病害是立枯病，立枯病是马尾松的一种叶部病害，幼苗得了立枯病，开始时只是针叶的尖端发黄，以后逐渐向整个针叶蔓延。立枯病的病原为枯斑盘多毛孢，病原菌以分生孢子和菌丝体在树上病叶中越冬。
立枯病采用打药的方法防治，药物可以使用多菌灵等杀灭真菌的药物。按照说明书的用量兑水，用喷雾器喷施即可。喷施的时候要仔细，从树干到树枝，上上下下都要喷到。立枯病一般于5月开始发生，6到9月为发病盛期，随气温下降，发病率逐渐降低，11月以后，病害基本停止发生。所以自5份开始，就要注意观察，如果发现立枯病的症状要及时防治。
5 再次间苗
经过3到4年的培养，马尾松逐渐长到了1米左右，这个时候，苗圃地的空间也已经非常拥挤了，如果不能够及时移栽，就要及时间苗。如果任由它们长下去，就会密不透风，因此，要再一次间苗以促进幼树的生长。再一次间苗，也要在春天进行，当温度稳定在15摄氏度以上时，先在苗圃地浇水，浇水后第二天，可以起苗移植。这时候树苗之间的株行距要达到1米左右。起苗时，要在树干周围20厘米处开挖，尽量不伤根系或少伤根系。挖出后及时栽种。
