西瓜杂交制种首先要选好制种田。背风、向阳、排灌方便的地块最适合西瓜制种。至于土壤，还是以壤土或者沙壤土为好，耕层一定要深厚。
西瓜有一种病害叫西瓜枯萎病，很难防治。由于造成这种病害的病菌可以在土壤中生活和繁殖，所以如果总在一块地里种植西瓜，土壤中的病菌就会越积越多，使西瓜枯萎病一年比一年严重。为了预防这种病害，在选择西瓜杂交制种田时一定得挑那些七八年以上没有种过西瓜的生茬地。无论是把西瓜直接种在地里，还是通过嫁接的方法培育西瓜苗，都必须在制种田里栽上父本和母本两个品种。
选择杂交制种的父本和母本有一个基本的原则，就是父、母两个品种一定要远地域、远生态，另外性状差异也要比较大。根据实验，父本和母本在制种田里的植株比例应该控制在1：25的范围内，也就是说，1株父本西瓜可以为20株母本西瓜授粉。
