超高效液相色谱仪与普通高效液相色谱原理相同，因此，在使用中应注意的问题是相同的。
要想成为一个合格的色谱分析者，良好的实验规范与习惯是非常必要的。一些小细节的失误或忽视一些简单的问题往往导致实验结果不理想或损坏仪器，从而造成重大的损失。
而在使用中从初的样品准备开始也有细节部分需要注意：
在保证目标物回收率的情况下，尽量除去样品中其它杂质。
选用合适的滤膜（滤膜有水溶型、脂溶型、通用型、超高效液相色谱用0.2?m）过滤样品，确保样品中不含固体颗粒。使用与初始流动相组成相同的溶剂溶解样品，在反相分析时，用比流动相极性更低的有机相；在用正相分析时，如在亲水色谱分析时，溶解样品的一定是高极性有机相，否则，会引起色谱峰的变形，比如保留时间提前、双峰等。
在保证灵敏度与准确度的前提下，进样量要尽量小。
