一、使用环境的区别：
A、生物安全柜一般是做致病菌，霉菌酵母菌来用，其操作区域是负压的，简单说是往外抽风的，当然致病菌也不是直接抽出排到室外，而是过滤在生物安全柜的顶部漏器上，从排风量上可以分为，50%外排型，75%以及100%外排型。
B、而超净工作台是做一般对人体没有直接伤害的常规细菌的操作实验，正压送风，吹向样品以及实验人员的风是经过过滤器过滤，从而达到局部百级。
二、使用目的的区别：
A、生物安全柜是为操作原代培养物、菌毒株以及诊断性标本等具有感染性的实验材料时，用来保护工作人员、实验室环境以及实验品，使其避免暴露于上述操作过程中可能产生的感染性气溶胶和溅出物而设计的。其目的是保护实验过程、操作人员及环境免受危害。通风柜和超净工作台不属于生物安全柜，不可使用在涉及微生物材料的实验或生产过程中。
B、超净工作台是为了保护试验品或产品而设计的，通过吹过工作区域的垂直或水平层流空气防止试验品或产品受到工作区域外粉尘或细菌的污染。一旦微生物样品放置于工作区域，层流空气将把带有微生物介质的空气吹向前台工作人员而产生危险。超净工作台就相当于一个缩小版的无菌室（无菌空间）。
